Cappella del Crocifisso
La cappella opposta a quella di San Carlo, intitolata inizialmente agli Apostoli, poi a San Francesco, poi detta delle Reliquie, è oggi dedicata al Crocifisso. L'architettura e l'apparato decorativo sono in tutto simili a quelli della cappella simmetrica, ma con una nicchia sul lato destro di particolare preziosità barocca.
Sopra l'altare, al posto di una perduta pala con San Francesco, è stato collocato, durante i restauri del 1968-1970, il grande Crocifìsso che si trovava nella chiesa di Sant'Antonio, dovuto ad un anonimo artista dell'inizio del '500 dotato di notevole sensibilità nel rappresentare con drammatico realismo la sofferenza di Cristo. Ai lati due tele seicentesche con la Crocifissione e la Deposizione, chiaramente ispirate al Cerano, ai Procaccini e a Daniele Crespi, e provenienti dalla demolita chiesa di Santa Croce, hanno sostituito il Martirio di San Sabino, con riferimenti al primo Seicento lombardo, ma anche ai pittori veneti, ed il Perdono d'Assisi, dalla composizione poco coerente, ma con particolari degni del Morazzone o di Del Cairo; le ultime due tele si trovano ora nella casa prepositurale.
Alla sommità dell'altare una Madonna col Bambino che ricorda il Luini, anche se eseguita nel Seicento, è stata sostituita con Santa Margherita da Cortona, in un atteggiamento di dolore e con una tavolozza di cupi colori che ci riportano alla fine dello stesso secolo. Appartiene invece al Settecento il paliotto di scagliola, forse dello stesso Pietro Solari già ricordato, in cui, accanto ai consueti motivi naturalistici, si trovano anime purganti e simboli della morte, così come il tabernacolo (1781) fantasiosamente scolpito nel marmo da Giuseppe Maria Buzzi, con il testo dell'inno Tantum ergo sacramentum dipinto sulla porticina dorata. Prima del 1968, la cappella m restaurata, come quella di San Carlo, nel 1880 e nel 1923.